Protein

Implementation of the ProteinContext class containing the configuration for PDB/protein validation.

COFACTORS = ['HEM', 'HC3', 'MSE', 'ACO', 'VAN', 'SAM', 'ADP', 'GLU', 'ASP', 'GLN', 'LYS', 'NDG', 'URA', 'DAL', 'FE3', 'FE2', 'AMP', 'FMN', 'ZN1', 'GDP', 'HEA', 'GLY', 'CD2', 'NAD', 'FAD', 'COA', 'PHE', 'PRO', 'HGB', 'HCO', 'NI2', 'TYR', 'PLP', 'GAL', 'MET', 'PO4', 'ATP', 'ALA', 'FUC', 'LEU', 'UDP', 'FES', 'WAT', 'HIS', 'GTP', 'VAL', 'G6D', 'CME', 'SAH', 'MLY', 'NAI', 'ACE', 'GLC', 'TPO', 'MLI']

CRYSTAL_ADDITIVES = ['2PE', 'EDO', 'DMS', 'CLF', 'AZI', 'SE4', 'TRS', 'IPA', 'BAT', 'MOH', 'DTX', 'HEC', 'PT4', 'DTP', 'UNX', 'OCY', 'BET', 'AKG', 'ASO', 'HPP', 'FMT', 'PCA', 'LPE', 'POV', 'SIA', 'ACT', 'KCC', 'BES', 'THC', '2HP', 'PEB', '1PE', 'HYP', 'NO3', 'OLC', 'CSP', 'BOG', 'PEC', 'SAD', 'HAR', 'OLA', 'PGE', 'NET', 'SEC', 'OXL', 'TYS', 'BF4', 'IEP', 'LMT', 'Y01', 'CDL', 'ERM', 'CAS', 'MLZ', 'BB2', 'PGO', 'APC', 'TLA', 'TRI', 'TBU', 'BR0', 'PC1', 'SCH', 'TEG', 'EMT', 'IMD', 'N3', 'AU1', 'EHP', 'PF5', 'NH2', 'SUL', 'IPO', 'NLE', 'IZA', 'CL7', 'NAO', 'IBM', 'SGN', 'IDS', 'PLX', 'ZNO', 'SC2', 'CSW', 'PX4', 'ASX', 'VO4', 'HAC', 'DGD', 'RGD', 'STY', 'NME', 'SVX', 'REO', 'ICD', 'AU3', 'BCL', 'MLY', 'F15', 'FGA', 'AG1', 'TAR', 'PHI', 'CUB', 'STU', 'CU1', '1ZN', 'PO2', 'C8E', 'HNE', 'DAM', 'HC4', 'PYL', 'LFA', 'CHL', '3PE', 'MVA', 'HLU', 'ACN', 'VPO', 'F3S', 'YCM', 'CPS', 'FUL', '3BV', 'CAC', 'CSD', 'PTY', 'CSO', 'EPE', 'PTR', 'CYN', 'FME', 'WCC', 'PO3', 'HSE', 'PLM', 'THX', 'CLA', 'MPD', 'PEG', 'BME', 'GOL', 'OCS', 'PAM', 'ACY', 'ZN3', 'HG2', 'NO2', 'CUA', 'LCO', 'CSX', 'GNP', 'PG4', 'Z99', 'UNL', 'S2M', 'FLC', 'NAP', 'DTT', 'BMA', 'B3P', 'NCO', '5IU', 'PRT', 'PRP', 'SO4', 'P5S', 'IAS', 'MLI', 'CUZ', 'NH4', 'MRD', 'MNO', 'OGA', 'WO4', 'EDA', 'CUW', 'ANP', 'HCS', 'CYM', 'DSN', 'BEN', 'APR', 'SER', 'MES', 'H5M', 'HG1', 'AG2', 'H2B', 'SCN', 'ALF', 'NLN', 'SAR', 'PDV', 'EOH', 'DMF', 'OHX', 'IOD', 'PPM', 'CRF', 'ORN', 'PEE', 'MAN', 'CO3', 'CL0', 'PCW', 'XAN', 'SF4', 'ACB', 'YT3', 'XO4', 'M3L', 'ALY', 'PG5']

ProteinContext(file_path, data_dict=None)

Bases: YamlConfig

Configuration for protein PDB structure validation.

cofactors = config.get('cofactors', [])

crystal_additives = config.get('crystal_additives', [])

impurities = self.cofactors + self.crystal_additives

declare_defaults()

Default protein context config (auto-written to YAML if missing).

default()

Create a ProteinContext with default values without needing a file.

validate()

Fill missing keys from defaults and validate types.